机械性能相对较弱
有机硅涂层的硬度一般比不上环氧涂层、聚氨酯涂层等，在受到尖锐物体刮擦、外力撞击时，相对更容易出现划痕、破损等情况，例如在一些有频繁机械摩擦的工业场所，如果仅使用有机硅涂层来防护，可能维持不了太长时间就会出现表面损伤，影响其防护和装饰效果。
其拉伸强度、附着力等机械性能指标在部分高强度使用场景下也稍显不足，在一些需要涂层与基体紧密结合且承受较大外力的应用场景中，可能会出现涂层剥落的现象。
成本较高
有机硅材料本身的制备成本相对偏高，使得有机硅涂层产品价格往往比普通的丙烯酸涂层、醇酸涂层等要贵不少。这就限制了它在一些对成本较为敏感、对耐低温等特殊性能要求并非极高的大规模应用场景中的使用，比如普通民用建筑外墙等普通防护场景，往往会优先选择成本更低的涂料产品。
固化条件较苛刻
部分有机硅涂层需要特定的温度、湿度等固化条件才能充分固化，达到理想的性能状态。例如有的有机硅涂料需要在相对较高的温度环境下，经过较长时间烘烤才能固化完全，如果固化条件不满足，可能会导致涂层固化不完全，出现表面发粘、硬度不够、耐化学性等性能不达标的问题，这在实际施工应用时，对施工环境和工艺控制要求就比较高。
耐有机溶剂性有限
相比于一些氟碳涂层等耐化学腐蚀性能超强的涂料，有机硅涂层在面对某些有机溶剂时，耐受性不是特别理想。像长时间接触丙酮、甲苯等强有机溶剂时，有机硅涂层可能会出现溶胀、变软甚至被腐蚀破坏的情况，所以在一些经常有有机溶剂存在的化工环境中，单独使用有机硅涂层可能无法满足防护需求。
室温固化聚硅氮烷，请查看
IOTA 9150, IOTA 9150K.
高温固化聚硅氮烷，请查看
IOTA 9108,
IOTA 9118.
